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    SCIEX和Illumina 共同研發整合蛋白質組學和基因組學

    近,美國的三個研發機構發布了分析和比較蛋白質組學和基因組學數據的新應用,這些應用方法是OneOmics項目的一部分。OneOmics是Illumina和SCIEX的合作項目。

    為了消除不同組學之間的信息壁壘,OneOmics項目將SCIEX基于新一代蛋白質組學 的SWATH 采集系統和Illumina公司基于BaseSpace云計算的新一代測序數據相結合。Advaita Bioinformatics注:最小抗拉強度值不是鏈條的工作載荷公司、系統生物學研究所和耶魯大學的研究人員也在采用SWATH蛋白質組學數據開發云技術對與國內實驗機廠家來講的應用程序和數據庫。

    系統生物學研究所副教授Rob Moritz帶領團隊開發了SWATHAtlas Ion Library Gen"飛機減重能夠節省燃料本錢erator應用程序,它提供了快捷進入ISB數據庫的方法,為具有SWATH采集系統的NGP服務。目前,ISB數據庫已經包括了人、酵母和結核桿菌蛋白質組數據庫。我們很高興成為SCIEX和Illumina合作項目的一部分, Moritz說,ISB和整個學術界開發的這些應用程序提供了一個強大的解決方案,這不僅給蛋白質組學研究道路帶來很大影響,而且將會建成系統生物學數據系統。

    Advaita公司為BaseSpace平臺研發了iPathwayGuide分析包。該應用分析包可以用作生化途徑分析、GO分析、miRNA預測、藥物和疾病分析。它簡化了從整合蛋白質組學、轉錄組學數據庫尋找生物數據的過程,并將有助于推進生物標志物的發現和疾病研究。

    耶魯大學的Chris Colangelo和Rob Kitchen共同為BaseSpace平臺開發了RNASeq應用程序。這個應用程序能將一個Illumina的RNASeq實驗數據轉換為一種蛋白質數據組,得到的數據可以為建立SCIEX SWATHTM采集系統數據庫。因此,它是一個更有針對性的蛋白質組學分析方法,這對某特殊疾病的遺傳學研究者來說非常有用。這一系列工作流程是系統生物學研究的普通需求,但直到現在只有少數專業的實驗室能滿足這些復雜的生物信息學條款。

    SWATHTM采集系統使研究人員能夠準確、多次的從成百的樣品中定量數以千計的蛋白質,從而得到在不同環境刺激下蛋白質組的變化等非常有意義的結論。 SCIEX公司的理論與臨床研究業務總監 Aaron Hudson說,下一步是將得到的這些蛋白質組學的結論與基因組學和轉錄組學等其他組學的結論整合在一起。此項目的三家合作機構ISB、耶魯大學和Advaita Bioinformatics公司都推出了免費的應用程序,這些應用程序對此工作方法的深入實驗室很有幫助,同時也鋪設了通向橫跨生命科學中兩大領域的標準化數據分析的道路。

    編譯:郭浩楠

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